1500万年前に高温のフィリピン海プレ－トは、南下する西日本の下に沈み込み、地下に大量のマグマを貯蓄し始めました。フィリピン海プレ－トの沈み込み角度は小さいので、比較的浅い領域にマグマが発生しました。フィリピン海プレ－トと接する、静岡、紀伊半島、四国南岸、九州南岸部の地下には大規模なマグマ溜まり（カルデラ）が形成され、400万年前に大規模なカルデラ噴火を生じました。

紀伊半島のカルデラ大噴火では火山灰が2000ｍも堆積し、世界の気温が10℃も低下したと言われています。現在の紀伊半島には巨石と温泉が環状に分布していますが、これはカルデラ噴火跡を示しています。溶岩のカルデラが固まって地下に巨大な花崗岩（60ｋｍ幅、20ｋｍ厚）が形成されました。花崗岩の密度は玄武岩プレ－トの密度より小さいので、プレ－トの沈み込みにより花崗岩は10ｋｍも隆起して、火山帯のない西日本の南部を山岳地帯に変えました。